اهم وظايف يگان حفاظت به شرح زير مي باشد:
۱- حفاظت عرصه و اعيان منابع طبيعي از طريق اجراي مقررات موضوعه براساس طرح‌ها و دستورالعمل‌هاي ذيربط.
۲– اقدامات پيشگيرانه و اطلاع رساني به موقع به منظور حفظ و حراست از عرصه‌هاي منابع طبيعي.
۳- اتخاذ تدابير، تمهيدات و اقدامات لازم به منظور جلوگيري و مقابله با جرائم مرتبط با وظايف قانوني سازمان.
۴- بازرسي و كنترل محموله‌هاي جنگلي و مرتعي و كشف محموله‌هاي قاچاق و غيرمجاز در معابر، جنگل‌ها و محورهاي مواصلاتي با هماهنگي ناجا.
۵- جلوگيري از تردد و چراي غيرقانوني دام در عرصه و اعيان منابع طبيعي كشور طبق ضوابط و دستورالعمل‌هاي مربوطه
۶- جلوگيري و برخورد قانوني با هرگونه بهره‌برداري غير مجاز ار جنگل‌ها و مراتع و بيابان‌ها طبق قوانين موضوعه.
۷- هماهنگي و همكاري متقابل جهت جمع‌آوري اخبار و توليد اطلاعات مورد نياز كه به عهده واحد حراست سازمان مي‌باشد.
۸- مساعدت و همكاري با عوامل ذيربط در اطفاي حريق منابع طبيعي و امور امدادي و مردم ياري به هنگام بروز سوانح و حوادث غيرمترقبه در عرصه‌هاي منابع طبيعي.
۹- انجام وظايف قانوني در مقام ضابط خاص دادگستري در حوزه مأموريت و در حدود وظايف مطابق ماده (۱۵) قانون آيين دادرسي كيفري (مصوب ۲۸/۶/۷۸) و مواد بعدي آن قانون.
۱۰- تشكيل پرونده قضايي متخلفين، قاچاقچيان و متجاوزين به عرصه و اعيان منابع طبيعي برابر قوانين موضوعه و ارجاع و اعزام به مراجع ذيربط.
۱۱- مساعدت و همكاري با عوامل انتظامي محل مأموريت در كشف جرايم (در محدوده استحفاظي).
۱۲- بازرسي مستمر كارگاه‌هاي چوب‌بري و كارخانجات صنايع چوب براساس تبصره (۳) ماده (۵۴) قانون حفاظت و بهره‌برداري از جنگل‌ها و مراتع
۱۳- گشت و مراقبت از عرصه و اعيان منابع طبيعي.
۱۴- حفاظت از اماكن و واحدهاي تابعه يگان
۱۵- – تهيه طرح و توزيع تسليحات و تجهيزات انتظامي و مخابراتي برابر جداول مصوب سازماني و ارائه آن به مبادي ذيربط جهت سير مراحل تصويب.
