در اوایل سال ۱۳۳۵ هجری شمسی واحدی تحت عنوان جنگلبانی در شهر بیرجند با یک نفر پرسنل تاسیس شد. وی از اهالی آذربایجان بود و یک نفر به عنوان قرقبان در معیت ایشان امور حفاظت از منطقه را بر عهده داشت. در طی سالهای ۱۳۳۸ الی ۱۳۴۱ اولین وسیله نقلیه موتوری (موتور سیکلت و ماشین) تحویل سر جنگلبانی بیرجند گردید. در سال ۱۳۴۸ نظر به گستردگی شهرستان بیرجند تصمیم به تاسیس سرپرستی خراسان جنوبی به مرکزیت بیرجند گرفته شد و فردی از تهران به عنوان سرپرست منابع طبیعی جنوب خراسان منصوب و مشغول به کار شد.
سرپرستی منابع طبیعی خراسان جنوبی با ۳۵ پست سازمانی ستادی شامل ادارات منابع طبیعی شهرستان کاشمر، تربت حیدریه، گناباد، طبس (فردوس نیز جزء آن بوده) و بیرجند (که قاین، نهبندان و سربیشه نیز جزئی از آن بوده است.) را زیر پوشش داشته در سال ۱۳۵۲ به دنبال اصلاح تشکیلات اداری و تشکیل سر جنگلداری کل استان خراسان سرپرستی جنوب خراسان منحل گردید.
در سال ۱۳۵۸ طی مصوبه ای بخش قاین در قالب یک شهرستان از بیرجند منفک گردید و در سال ۱۳۶۷ سر جنگلبانی به اداره منابع طبیعی ارتقاء یافت در سال ۱۳۶۸ بخش نهبندان از توابع شهرستان بیرجند از آن جدا شده و به شهرستان نهبندان ارتقاء یافت و در سال ۱۳۶۸ بخش نهبندان از توابع شهرستان بیرجند از آن جدا شده به شهرستان نهبندان ارتقاء یافت و در سال ۱۳۷۰ اداره منابع طبیعی این شهرستان به صورت مستقل تاسیس گردید. در سال ۱۳۸۲ در پی مصوبه دولت بخش سربیشه از توابع شهرستان بیرجند جدا شده و به شهرستان سربیشه ارتقاء یافت و اداره منابع طبیعی این شهرستان در سال ۱۳۸۳ به صورت مستقل تاسیس گردید در سال ۱۳۸۴ به دنبال تقسیم استان خراسان بزرگ و تفکیک بخش سرایان از شهرستان فردوس و الحاق به استان خراسان جنوبی پس از تصویب هیات محترم دولت بخشهای سرایان و درمیان (منفک شده از شهرستان بیرجند) به صورت ۲ شهرستان مستقل ایجاد که ادارات منابع طبیعی این دو شهرستان نیز همزمان با تاسیس شهرستان فعالیت اداری خود را در سطح اداره شهرستان (قبلاً به صورت دفتر حفاظتی فعالیت می نمودند) آغاز نمودند.
همچنین در سال ۱۳۸۶ شبر طبق مصوبه هیئت محترم دولت شهرستان فردوس از استان خراسان رضوی منفک و به استان خراسان جنوبی الحاق گردید. و در آخرین تغییر صورت گرفته در سال ۱۳۸۸ در پی مصوبه دولت بخش بشرویه از توابع شهرستان فردوس جدا شده و به شهرستان بشرویه ارتقاء یافت و اداره منابع طبیعی این شهرستان در همان سال به صورت مستقل تاسیس گردید.
همچنین در سال ۱۳۸۶ شبر طبق مصوبه هیئت محترم دولت شهرستان فردوس از استان خراسان رضوی منفک و به استان خراسان جنوبی الحاق گردید. و در آخرین تغییر صورت گرفته در سال ۱۳۸۸ در پی مصوبه دولت بخش بشرویه از توابع شهرستان فردوس جدا شده و به شهرستان بشرویه ارتقاء یافت و اداره منابع طبیعی این شهرستان در همان سال به صورت مستقل تاسیس گردید.
در شهریور ماه ۱۳۹۱ نیز دو بخش خوسف از شهرستان بیرجند و زیرکوه از شهرستان قاینات جدا شده و به شهرستان های خوسف و زیرکوه ارتقا یافتند.
همچنین بر اساس مصوبه ۲۸ اسفندماه ۱۳۹۱ هئیت محترم دولت شهرستان طبس از استان یزد جدا و به خراسان جنوبی الحاق گردید.
در حال حاضر استان خراسان جنوبی دارای ۱۱ شهرستان می باشد.
